صحت روشهای مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانهای با معماری ژنتیکی متفاوت
Authors
Abstract:
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپی گسسته که اکثراً دارای وراثت‌پذیری پائین هم می باشند، در این تحقیق صحت ارزیابی های ژنومی صفات آستانه ای و صفات پیوسته حیوانات در قالب سناریوهای مختلفی با استفاده از شبیه سازی رایانه‌ای مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت مواد و روشها: در این مطالعه ژنومی حاوی 1000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی با تراکم 1/0 سانتی مورگان بصورت تصادفی روی کروموزومی به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد. تعداد QTLهای10، 50 و 100 و سطوح وراثت‌پذیری 1/0، 2/0 و 3/0 برای صفات آستانهای و پیوسته در نظر گرفته شد. صفات آستانهای با سطوح فنوتیپی دو، چهار، هشت و شانزده و صفات پیوسته به‌عنوان شاهد در سه جمعیت 1000، 2000 و 5000 با سه روش آماری بیز A، بیزB و بیز C مورد ارزیابی قرار گرفت. پیاده سازی سناریوهای مورد نظر در این مطالعه با استفاده از بسته های hypred و BGLR در محیط نرم افزار R انجام گرفت. یافته ها: مقادیر صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی صفات مختلف در همه سناریوهای مورد بررسی نشان از افزایش همبستگی بین ارزش های اصلاحی برآورد شده با ارزش های اصلاحی واقعی با افزایش تعداد سطوح فنوتیپی در صفات آستانه ای دارد. دامنه تغییرات صحت های بدست آمده در سناریوهای مختلف برای صفت آستانه ای با دو گروه فنوتیپی از همه صفات دیگر بیشتر بوده است. البته با افزایش تعداد گروه بندی ها تفاوت بین صفات با 2 گروه فنوتیپی با صفات با چهار گروه فنوتیپی قابل محسوس تر می باشد. ولی از 4 سطح فنوتیپی هر چه بالاتر می رویم مقادیر بدست آمده نزدیکتر به هم می باشد. صحت های پیش‌بینی شده در روشهای مورد مطالعه بدلیل تشابه ماهیت محاسباتی به هم نزدیک بوده ولی تغییر صحت ها نسبت به تغییر تعداد QTL ها برای صفات آستانهای و صفات پیوسته در روش آماری بیز C منظم تر مشاهده می شود. با افزایش وراثت‌پذیری صفت، صحت برآورد اثرات آللی و متعاقب آن پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومی افزایش یافت. کمترین و بیشترین مقادیر صحت ارزش های اصلاحی ژنومی به ترتیب برای صفات آستانهای دوسطحی آنالیز شده با روش بیز B در سطح وراثت‌پذیری 1/0 و صفات پیوسته آنالیز شده با روش بیزA در سطح وراثت‌پذیری 3/0 ثبت شد. برای پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومی در انتخاب ژنومی نیاز به برآورد اثرات آللی (SNP) در جمعیت مرجع می‌باشد. لذا افزایش تعداد QTLها از 10 به 100 و افزایش تعداد افراد جمعیت مرجع از 1000 به 5000 فرد منجر به افزایش میزان صحت پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومی در همه صفات آستانهای و صفات پیوسته گردید. نتیجه گیری: برای ارزیابی ژنومی صفات آستانهای استفاده از روشهای آستانهای را می توان جایگزین روشهای استاندارد کرد. چون ارزیابی ژنومی صفات آستانهای با روشهای استاندارد منجر به کاهش صحت ارزیابی‌های ژنومی می‌گردد، حتی برای صفات با 16 گروه فنوتیپی هم استفاده از روشهای آستانه ای در همه سناریوها منجر به دقت بیشتر ارزشهای اصلاحی ژنومی نسبت به روشهای استاندارد گردید. افزایش گروه‌بندی صفات آستانهای منجر به افزایش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی می گردد، ولی بیش از 8 سطح فنوتیپی برای صفات آستانه ای توصیه نمی شود، چون تأثیر چندانی در افزایش صحت ارزیابی‌های ندارد.
similar resources
ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روشهای بیزی
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...
full textمقایسه روش های بیزی در ارزیابی ژنومی با معماری متفاوت ژنتیکی
The aim of this study was to compare different methods of Bayesian (parameteric) approaches for predicting genomic breeding values of traits with different genetic architecture in different distribution of gene effects, number of quantitative traits loci, heritability and the number of reference population using simulated data. A genome contained 3 chromosomes, with the length of 100 cM and 10...
full textمقایسه صحت برخی روش های بیزی در استراتژی های مختلف ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای
این مطالعه با هدف ارزیابی صحت روش های مختلف بیزی در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی صفات آستانه ای انجام شد. نتایج این مطالعه نشان داد که روش های بیزی، روش های قدرتمندی در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی بوده و استفاده از این روش ها، در سناریوهای مختلف ژنومی و جمعیتی، می تواند منجر به پیشرفت ژنتیکی چشمگیری در صفات آستانه ای شود
ارزیابی صحت پیش‌بینی ژنومی در معماری‌های مختلف ژنومی صفات کمی و آستانهای با جانهی داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده، توسط روش جنگل تصادفی
Genomic selection is a promising challenge for discovering genetic variants influencing quantitative and threshold traits for improving the genetic gain and accuracy of genomic prediction in animal breeding. Since a proportion of genotypes are generally uncalled, therefore, prediction of genomic accuracy requires imputation of missing genotypes. The objectives of this study were (1) to quantify...
full textبرآورد صحت انتخاب ژنومی در جوامع کوچک ژنتیکی- مطالعه شبیه‌سازی
In the present study two genetically connected small and large populations were simulated and the effect of different sources of information from foreign populations on the accuracy of predicted genomic breeding values of young animals of the small population was investigated. A large population consist of 200000 animals over 15 generations and a small population consist of 5000 animals over 3 ...
full textارزیابی عملکرد روشهایBoosting و بیز A در چالش‌های مختلف معماری ژنومی صفات گسسته و پیوسته
سابقه و هدف: گزینش ژنومی چالشی امید بخش برای کشف رموز ژنتیکی صفات کمی و کیفی به منظور بهبود رشد ژنتیکی و صحت پیش بینی ژنومی در اصلاح دام می‌باشد .در این پژوهش، عملکرد روشهای Boosting و بیز A در برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی صفات آستانهای دودویی و پیوسته در تراکم مختلف نشانگری با استفاده از معماری‌های مختلف ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روشها: داده‌های ژنومی از طریق نرم افزار QMSim با ...
full textMy Resources
Journal title
volume 5 issue 2
pages 129- 143
publication date 2017-06-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023